การแพทย์แผนไทย (Thai Traditional Medicine) มีประวัติพบว่าเริ่มต้นขึ้นประมาณปี พ.ศ. 1725-1729 โดยมีการจัดตั้งสถานพยาบาลที่ชื่อว่า อโธคยาศาลา ซึ่งหน้าที่รักษาพยาบาล คล้าย ๆ กับคลินิกแพทย์แผนไทยในปัจจุบัน นอกจากนี้ในสมัยสุโขทัยมีการค้นพบว่าพ่อขุนรามคำแหงมหาราชได้ทรงสร้างสวนสมุนไพรขนาดใหญ่เพื่อให้ชาวบ้านไปเก็บมาเพื่อรักษาในเวลาเจ็บป่วย

จนมาถึงในสมัยอยุธยา แพทย์แผนไทยได้รับอิทธิพลมาจากอินเดีย ที่เรียกว่า อายุรเวท ซึ่งเป็นการรักษาสภาวะสมดุลของธาตุ 4 ซึ่งองค์ประกอบของชีวิต จนมีการจัดตั้งกรมแพทยา โรงพระโอสถ กรมหมอยา และกรมหมอนวด เป็นต้น และมีการจัดทำรับยาขึ้นชื่อว่า “ตำราพระโอสถพระนารายณ์” ที่รวบรวมตำรับยาในยุคนั้นเอาไว้

มาถึงในสมัยรัตนโกสินทร์ มีการรวบรวมและจารึกตำรายา ตำราฤาษีดัดตน และตำรานวดแผนไทยไว้ตามศาลาราย และมีวิวัฒนาการเรื่อยมา จนมาถึงรัชกาลที่ 5 ได้บรรจุวิชาแพทย์แผนไทยเอาไว้ในโรงเรียนแพทยากรขึ้นที่ศิริราช และการพิมพ์ตำราแพทย์ ชื่อว่า แพทยศาสตร์-สงเคราะห์ (ฉบับหลวง) ในปี พ.ศ. 2438 ซึ่งมีข้อมูลทั้งแพทย์แผนปัจจุบันและแพทย์แผนไทย โดยมีช่วงเวลาที่แพทย์แผนตะวันตกเข้ามาทำให้แพทย์แผนไทยไม่ได้รับความสนใจ แต่ในที่สุดในสมัยรัชกาลที่ 9 ก็มีการฟื้นฟูแพทย์แผนไทยขึ้นมาอีกครั้งและได้รับความนิยมมาจนถึงปัจจุบัน